ffmpegなら一発だった。
ffmpeg -i inupt.m4a -vn -acodec libmp3lame out.mp3
mencoderだとダミーの動画ファイルを合成してmp3化。
mencoder -ovc frameno -oac mp3lame -lameopts cbr:br=128 \ -of rawaudio -o out.mp3 -audiofile in.m4a dummy.avi